Baudin ledde 1800–03 en expedition till Australien med fartygen Géographe och Naturaliste, utsända av Napoleon I för att hävda franska intressen. De politiska syftena nåddes inte, men ur vetenskaplig synpunkt var resan betydelsefull. Australiens kust karterades systematiskt, och till Frankrike fördes mängder av naturalhistoriska objekt, bl.a. 2 500 förut okända djurarter.