Fram till 1970 lydde arkivet, som då kallades Svenska ortnamnsarkivet, under Kungl. Ortnamnskommissionen. År 1970 inordnades det tillsammans med flera andra arkiv i den nybildade myndigheten Dialekt- och ortnamnsarkiven samt Svenskt visarkiv (DOVA), som 1993 omorganiserades och bytte namn till Språk- och folkminnesinstitutet (från 1 juli 2006 Institutet för språk och folkminnen). Ortnamnskommissionens och alltsedan 1970 Ortnamnsarkivets viktigaste uppgift är utgivningen av