Då britterna 1877 annekterade Transvaal försökte Joubert tillsammans med Paul Kruger genom förhandlingar återupprätta boerrepublikens oberoende. Vid upproret 1880 utnämndes han till överbefälhavare och tillfogade 1881 britterna ett avgörande nederlag vid Majuba Hill. Joubert var 1883–1900 vicepresident under Kruger och ledde, då boerkriget utbröt 1899, invasionen av Natal. Efter inledande