Polarforskningssekretariatet har till uppgift att främja och organisera svensk forskning i Arktis och Antarktis, att främja miljöskyddet i polarområdena och att bistå med expertis i utrikespolitiska frågor som rör polarområdena. Sedan 1994 är Polarforskningssekretariatet förvaltningsmyndighet för lagen om Antarktis (2006:924) och prövar frågor om tillstånd för vistelse eller verksamhet i området.