Nedbrytningen av kroppsegna (endogena) proteiner utförs av enzymer (proteaser och peptidaser), huvudsakligen i cellorganeller (se nedan). De enskilda proteinernas genomsnittliga överlevnadstid i kroppen varierar avsevärt och beror på proteinets struktur. Vissa N-terminala aminosyror medför kortare överlevnadstid, medan förekomsten av andra N-terminala aminosyror ger längre överlevnadstid. Hos människan används ca 3/4