Efter Napoleons invasion i Egypten sändes Abercromby dit 1800 som överbefälhavare för en brittisk-turkisk armé, som besegrade fransmännen vid Aboukir utanför Alexandria 21 mars 1801. Abercromby blev därvid dödligt sårad, men striden ledde till fransmännens totala kapitulation i Egypten.