Roch Marc Christian Kaboré växte upp i Ouagadougou och studerade ekonomi vid universitetet i Dijon i Frankrike. Hans far, Charles Bila Kaboré, var på 1960-talet finansminister och senare högt uppsatt tjänsteman vid Västafrikanska centralbanken. Sonen har också varit verksam inom banksektorn, som generaldirektör för Banque International de Burkina 1984–89.