Orsaken till rotgranulom är undergång (nekros) av tandpulpan. Rotgranulom ses på röntgenbilden som mörka, oftast runda ”skuggor” eller ”hål” vid rotspetsen. De kan behandlas med rotfyllning eller rotspetsresektion. När en tand med rotgranulom dras ut (extraheras), skall granulomet också avlägsnas; annars finns risk för residualcysta.