Mellan 1843 och 1860 vistades Baker på Mauritius och Ceylon och på resor i Mellersta Östern. Tillsammans med sin blivande hustru Florence von Sass utforskade han under 1860-talet Nilens bifloder från Etiopien (The Nile Tributaries of Abyssinia, 1867) och Vita Nilen, vars källsjö Albertsjön paret nådde i mars