Som cisterciensmunk från Alvastra vigdes Stefan 1164 i Sens (Frankrike) av den landsflyktige ärkebiskop Eskil av Lund till ärkebiskop för den nyupprättade svenska kyrkprovinsen med säte i (Gamla) Uppsala. Stefan antas ha flytt till Danmark redan 1167 efter kung Karl Sverkerssons fall. År 1169 deltog han i en dansk beskickning