Han har utvecklat en behandlingsmetod som används vid avancerad Parkinsons sjukdom där en suspension av läkemedlet l-dopa (se levodopa) med en pump tillförs direkt till tunntarmen. Aquilonius var initiativtagare och redaktör för den svenska läroboken Neurologi (1989, 4:e upplagan 2006). Tillsammans med Gunnar Boman och Dag Nyholm gav han