Stockholms medeltidsmuseum skapades till följd av det intresse som utgrävningarna på Helgeandsholmen 1978–80 väckte och möjliggjordes genom att staten hyresfritt upplät lokalerna och Stockholms stad åtog sig att svara för uppbyggnads- och driftkostnaderna. Museet, som är en avdelning inom Stockholms stadsmuseum, öppnades 1986.