Stora Saltsjön varierar avsevärt beroende på nederbörden: arean mellan ca 2 600 och 6 000 km², vattennivån med över 5 m och salthalten mellan 14 och 27 procent. Stora Saltsjön utgör en del av det som återstår av Bonnevillesjön, en sjö som under senaste istiden låg mer än 300 m högre än Stora