SAM har sitt ursprung i Jönköpings Traktatsällskap, stiftat 1853 och ombildat 1861 till Jönköpings Missionsförening; denna gick 1919 samman med Jönköpings Kristliga Ungdomsförbund och en missionsorganisation, Svenska Alliansmissionen, som gav namn åt det nya missionssällskapet. Detta utvecklades successivt till ett kongregationalistiskt trossamfund med åtskilliga lokalförsamlingar anslutna även till Svenska Missionskyrkan.