De centrala och östra delarna upptas av ett bäcken med djup på över 4 000 m. I bjärt kontrast har stora områden i nordväst och sydväst djup under 200 m. Sydkinesiska havet är under inflytande av monsunvindar, vilket innebär att strömmar, temperaturer och salthalter uppvisar stora årstidsvariationer. Förutom den stora kinesiska ön Hainan