Militärdistriktsstaben var förlagd till Göteborg. Södra militärdistriktet ersatte 2000 det dittillsvarande Södra militärområdet, som bildades 1994 genom sammanslagning av dåvarande Södra respektive Västra militärområdet. Det ursprungliga Södra militärområdet organiserades 1942 som det första militärområdet och omfattade dåvarande Malmöhus, Kristianstads, Karlskronas, Kronobergs, Jönköpings och Kalmars försvarsområden. Södra militärdistriktet lades ned 2005.