WHO styrs av World Health Assembly, en församling av samtliga medlemsländer, en styrelse med representanter för 36 medlemsländer samt en generaldirektör. Generaldirektör sedan 2017 är etiopiern Tedros Adhanom (född 1965); han blev den första generaldirektören som inte är läkare. Regionala kontor finns för Europa (i Köpenhamn), Afrika, Amerika, östra medelhavsområdet, Sydöstasien och