Willie Dohertys barndom och uppväxt präglades av den nordirländska konflikten med bombningar, upplopp, skjutningar och misshandel. Han bevittnade till exempel den så kallade blodiga söndagen 1972 när tretton obeväpnade personer sköts till döds av brittiska soldater. Willie Doherty studerade konst på Ulster University i Belfast 1978–81. Till skillnad från många andra unga konstnärer