Den genomflyts av floden Irtysj. Zajsan dämdes upp 67 m 1967 och bildade då ett regleringsmagasin med en yta av 5 510 km² och en volym av 53 km³, varav 31 km³ är reglerbar. Den ursprungliga sjön var bara 8,5 m djup. Zajsan regleras huvudsakligen för vattenkraftsändamål.