Alvarsjöarna är mycket rika på kalk, liksom sjöar i andra utpräglade kalktrakter; de är av naturen fattiga på annan näring men tillförs fosfor och kväve genom fågelspillning och får därför en ofta mycket yppig vegetation av många kalkkrävande växter. Undervattensvegetationen består ofta av kransalger. Se bild vid alvar.