Basaltemperaturen varierar under menstruationscykeln. Den stiger några tiondels grader efter ägglossningen, då gulkroppen i äggstockarna börjar bilda gulkroppshormonet progesteron, och håller sig på denna nivå fram till menstruationen. Då hormonproduktionen upphör i samband med att menstruationsblödningen börjar sjunker basaltemperaturen. Om befruktning inträffat stannar temperaturen kvar på den högre nivån.