Norr om nuvarande Bonn låg ett romerskt legionsläger med namnet Castra Bonnensia. Det egentliga Bonn uppstod söder därom ur en kyrkby. Bonn var från medeltiden residens för ärkebiskopen av Köln, en av Tysk-romerska rikets kurfurstar. Under 1500-talet antog staden karaktär av förvaltningscentrum. Under 1600-talet uppfördes nya befästningsanläggningar runt staden.