Bagge utmärkte sig först som lantmilitär, särskilt vid försvaret av Halmstad mot danskarna 1534. Han var fältöverste i Småland under Dackefejden 1542–43, blev amiral 1555 och adlad 1556. Trots rådande fred kom Bagge 1563 vid Bornholm i strid med en överlägsen dansk flotta, som besegrades, vilket utgjorde upptakten till nordiska