Den rena sammansättningen FeS representeras av meteoritmineralet troilit. Magnetkis förekommer i basiska till ultrabasiska magmatiska bergarter tillsammans med nickelmineralet pentlandit, i högmetamorfa bergarter samt i högtempererade hydrotermala bildningar. Fyndigheter finns bl.a. inom Sudburydistriktet (Kanada), vid Norilsk-Talnach (Ryssland) och Kambalda (Australien). Svenska förekomster är Lainejaur (Västerbottens län) och Kleva (Jönköpings län).