Nygrens forskning var först inriktad på religionsfilosofi; med kritisk anknytning till Kant och Schleiermacher ville han lägga en icke-metafysisk, vetenskaplig grund för teologin. Han skiljer mellan olika erfarenhetsområden eller meningssammanhang, å ena sidan det teoretisk-vetenskapliga (där grundfrågan gäller ”sant” eller ”falskt”), å andra sidan sådana meningssammanhang av ateoretisk karaktär som