Ordet introducerades av René Truhaut 1975, men forskning inom området förekom långt tidigare. I ekotoxikologin studeras hur substanser släpps ut i naturen samt deras kemi, kvantiteter, ursprung, spridning, nedbrytning, utsöndring och effekter i miljön. Den ekotoxikologiska metodiken omfattar såväl cell- och organfysiologiska experiment i laboratoriet som fältstudier och matematiska modeller.