Ernest Bour utbildades vid musikkonservatoriet i Strasbourg och studerade dirigering för Hermann Scherchen. Han verkade i Strasbourg 1950–64 som dirigent vid stadens filharmoniska orkester och Opéra National du Rhin och var 1964–79 som efterträdare till Hans Rosbaud (1895–1962) chefsdirigent för Südwestfunks symfoniorkester i Baden-Baden, ett ledande centrum för ny musik.