Skolan flyttades 1944 från Ljungbyhed till Uppsala. Namnet ändrades 1966 till Flygvapnets krigsskola, och namnet Flygvapnets krigshögskola infördes 1982 när skolan fick ansvar för utbildning av löjtnanter och kaptener i den av riksdagen 1978 beslutade nya befälsordningen. Skolan utbildade också reservofficerare samt försvarsanställda flygingenjörer och meteorologer. Flygvapnets krigshögskola avvecklades 1998 och uppgifterna