Enligt direktivet åligger det varje medlemsland att vidta åtgärder som är nödvändiga för att bibehålla arterna i livskraftiga populationer (t.ex. reglera jakten) och vidta särskilda åtgärder för ca 200 fågelarter som bedöms vara särskilt hotade eller skyddsvärda (drygt 60 av dem finns i Sverige). Bl.a. ska särskilda skyddsområden pekas ut.