En halscysta beror på att det system av gälfåror och gälfickor, som under en kort period finns anlagt hos människoembryot, inte tillbakabildats på normalt sätt. Om gälfåror på halsens utsida inte helt växer bort bildas en liten blåsa (cysta) som kan fyllas med vätska. En sådan cysta finns vanligen på