Vid universitetet fanns teologisk, juridisk, medicinsk och filosofisk fakultet. Under 1700-talet tillkom professurer i naturvetenskapliga ämnen och ekonomi. Vid sekelskiftet 1700–1800 ändrades gradvis undervisningsspråket från latin till svenska. I samband med unionen med Ryssland 1809 fick universitetet utökade privilegier, och samtidigt ändrades namnet till Kejserliga Alexanders-Universitetet. Efter Åbo brand