Aiken uppfann 1944, tillsammans med C.D. Lake, B.M. Durfee och F.E. Hamilton, den automatiska beräkningsmaskinen Harvard Mark I, en viktig föregångare till den moderna digitala datorn. Mark I byggdes av IBM. En förbättrad version från 1947 kallades Mark II. Aiken publicerade i vetenskapliga tidskrifter ett flertal viktiga arbeten inom