Efter att ha tjänstgjort som lärare och rektor vid gymnasiet i Västerås – en tid fylld av kontroverser med kolleger och domkapitel – blev Boëthius 1691 kyrkoherde i Mora och 1694 prost. Han var strängt bibeltrogen och sökte genomföra en rigorös kyrkotukt. Det karolinska enväldet, med dess krav på överhöghet