Johanna III övergick 1560 till kalvinismen, som hon stödde militärt och 1570 gjorde till officiell religion. Hon accepterade 1572 försoning med katolikerna genom ett äktenskap mellan sonen Henrik, sedermera Henrik IV, och den franska prinsessan Margareta av Valois. Inför bröllopet for Johanna till Paris, där hon dog före Bartolomeinatten.