Marek Janowski studerade dirigering i Köln och Siena. År 1962 knöts han till operan i Köln, 1964 till Deutsche Oper am Rhein i Düsseldorf och var 1969–73 förste dirigent vid Hamburgoperan. 1973 blev han Generalmusikdirektor i Freiburg im Breisgau och innehade motsvarande post 1975–79 i Dortmund.