Merck KGaA grundades 1668 i samband med att familjen Merck förvärvade ett apotek, men det var först 1827 som Emanuel Merck (1794–1855) började tillverka läkemedel i ett apotekslaboratorium. I Merck-gruppen ingår även det schweiziska Merck AG, som grundades 1929. I Sverige har Merck KGaA sedan 1966 eget försäljningsbolag, E. Merck AB.