Mikroorganism kan också definieras som mikroskopiskt liten organism, encellig eller ingående i enklare cellaggregat, med ingen eller måttlig grad av celldifferentiering. Alla mikroorganismer har dock förmåga att i naturen växa som enskilda celler. Till mikroorganismerna räknas bakterier, encelliga alger, jästsvampar, mikroskopiskt små svampar och protozoer; oegentligt inkluderas ofta även virus.