Hannikainen skrev egna dikter och gjorde översättningar av bl.a. sångtexter och romaner. Han upptecknade folkmusik och grundade 1887 den första finska musiktidskriften, Säveleitä. Hannikainen var initiativtagare till flera körer, och komponerade och utgav skolsånger och körmusik. Hans mest kända komposition är Karelarnas sång.