Thomas Søndergård studerade 1989–92 slagverk och puka vid bland annat Det kongelige Danske Musikkonservatorium och vid Hochschule für Musik i Freiburg. Samtidigt medverkade han som pukslagare i EU:s ungdomsorkester och vid Det kongelige Kapel, där han blev solopukslagare innan han alltmer kom att ägna sig åt dirigering vid bland annat