Jämte Albrecht Altdorfer är Huber den främste representanten för landskapskonsten inom Donauskolan. I teckningar och grafiska blad förenar han ett intimt naturstudium med en visionär uppfattning som yttrar sig i ett rytmiskt linjespel, inte sällan med inslag av fantasteri. Inslaget av naturstämning kan också spåras i vissa av hans målningar