Loisy blev 1890 professor i bibelvetenskap vid Institut Catholique i Paris, en tjänst som han dock måste lämna 1893 på grund av sin radikalt kritiska bibelsyn. Hans mot Adolf von Harnack riktade bok L’Évangile et l’Église (1902) väckte starkt kyrkligt motstånd; den sattes på index, och Loisy bannlystes 1908.