Cannon utarbetade den s.k. Harvardklassifikationen av stjärnspektra fotograferade med objektivprisma (se spektralklassifikation). Under de 45 år som Cannon arbetade med plåtmaterialet klassificerade hon spektra för mer än 395 000 stjärnor. Klassifikationer för 225 300 stjärnor över hela himlen, upptagna på mer än 2 000 plåtar, gavs i Henry Draper-katalogen(1918–24).