Matti Klinge ägnade sig framför allt åt nyare idé- och kulturhistoria, där mycket av hans forskning gällde Helsingfors universitet. Studentkårens historia behandlades i Ylioppilaskunnan historia 1–4 (1967–68; ”Studenter och idéer”), och han var huvudförfattaren till ett trebandsverk om universitetets historia, Helsingin yliopisto 1640–1990 (1987–89; ”Helsingfors universitet 1640–1990”).