Missourifloden avvattnar 1 368 000 km² i sju delstater i USA. Medelvattenföringen vid mynningen är 2 220 m³/s (högsta uppmätta 19 000 m³/s). Källflödena till Missourifloden, bl.a. Red Rock River och Yellowstonefloden, kommer från Klippiga bergen i Montana. Flera stora dammar, bl.a. Fort Peck och Oahe, har byggts