Nilla Fischer spelade 2013–19 för den tyska klubben VfL Wolfsburg med vilken hon vann tyska ligan fyra gånger (2014, 2017, 2018 och 2019) och Champions League 2014. Hon spelade tidigare för Kristianstad/Wä DFF 2000–02, LdB FC Malmö 2003–11 (SM-guld 2010 och 2011) och Linköpings FC 2012–13 med vilken hon sedan 2019