Ekström har lång erfarenhet av såväl fackligt som politiskt arbete; exempelvis var hon styrelseledamot i fackförbundet Jusek redan under studietiden. På 1990-talet fortsatte hon att arbeta med arbetsrättsliga frågor, bland annat som sekreterare i Arbetsdomstolen (AD) och i 1995 års Arbetsrättskommission. 1997 blev hon planeringschef i Statsrådsberedningen och därefter statssekreterare