De behandlades i äldre systematik som en del av klassen spordjur. Likheter i DNA och cellväggens byggnad gör att man numera sammanför Apicomplexa med stammarna dinoflagellater och ciliater till en egen systematisk enhet, Alveolata. Apicomplexa omfattar mer än 4 000 arter, fördelade på två klasser. Klassen Sporozoʹea