Studiet av atomkärnans egenskaper ingår normalt inte i atomfysiken utan hänförs till kärnfysiken, även om gränsen ibland är svår att dra. Växelverkan mellan atomkärnan och de omgivande elektronerna, vilken ger upphov till hyperfinstruktur hos atomspektra (se atomspektroskopi), räknas vanligen till atomfysiken, även om man ur dessa studier får information om