Av flera skäl blir biotillgängligheten aldrig total. Den aktiva läkemedelssubstansen frigörs inte alltid fullständigt från tabletten eller kapseln. Substansen kan delvis förstöras i magsäcken eller tunntarmen. Absorptionen (uppsugningen) från tunntarmen är för många substansers del ineffektiv och därför ofullständig. Dessutom kan läkemedlet under passagen genom tunntarmsslemhinnan bli inaktiverat genom enzymverkan.