Som chef för Home Fleet 1943–44 hade Fraser bl.a. uppdraget att skydda de allierade konvojerna till Sovjetunionen. Denna uppgift löstes med stor skicklighet. I september 1943 oskadliggjorde brittiska ubåtar det tyska slagskeppet Tirpitz. Några månader senare sänkte Frasers slagskepp Duke of York den tyska slagkryssaren Scharnhorst utanför Nordkap.